בכפר הנוער ניר העמק פועל משפחתון אחד ובו ילדים בגילאי 7-16 . משפחתון זה פועל תחת מערך ארגוני מקיף ורחב הפועל בהתאם לחזון המפעל למען לילדי ישראל, ומוסיף ייחודיות משלו כחלק מכפר נוער גדול יותר. 

בהתאם למודל החינוכי המשפחתי של העמותה מתגוררים הילדים יחד עם זוג הורים וילדיהם הביולוגים בבית אחד . 

המשפחתון מתנהל על פי מודל של משפחה נורמטיבית ולצדם עומד מערך חינוכי – טיפולי – שיקומי תומך

המשפחתון שהוקם לפני כשמונה שנים, נותן מענה ל 12 ילדים מאזור עפולה והעמקים.

הילדים נהנים הן ממגוון הפעילויות המתקיימות בכפר ויצ”ו ניר העמק ומאידך ממסגרת אינטימית אשר כה חיונית להתפתחותם הבריאה.